写在前面：VMD （Visual Molecular Dynamics）是一款分子可视化程序，可使用三维图形和内置脚本显示、动画演示和分析大型生物分子系统。在 Linux 上安装 VMD软件用于可视化 .pdb、.xtc 等分子动力学结构文件，需要手动下载和安装，因为 VMD 是受限许可软件，不能通过 apt 或 yum 直接安装。
一、下载安装包（需要注册）
1. 访问官网：https://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD
2. 注册账号并同意许可协议
3. 下载与你系统对应的版本，可以选择最新版本：
Version 2.0.0 LATEST ALPHA (2025-03-13) Platforms:
Latest pre-release ALPHA test version
LINUX_64 (RHEL 8+) OpenGL, CUDA, OptiX RTX, RTX RTRT (Linux (RHEL 8+) 64-bit Intel/AMD x86_64 SSE/AVX+ with CUDA 10, OptiX6.5 RTX, RTX RTRT)
二、安装步骤
1. 把下载得到的安装包vmd-2.0.0a5.bin.LINUXAMD64.tar.gz上传到服务器中，然后进行解压：
# 1、解压
cd /home/user/software/vmd
tar -xvzf vmd-2.0.0a5.bin.LINUXAMD64.tar.gz
cd vmd-2.0.0a5
2. 修改完整路径
然后打开configure，修改下面两行，注意xxx需要替换为自己的实际安装路径：
# Directory where VMD startup script is installed, should be in users' paths.
$install_bin_dir="/home/xxx/software/vmd/vmd-2.0.0a5/bin";
# Directory where VMD files and executables are installed
$install_library_dir="/home/xxx/software/vmd/vmd-2.0.0a5/lib/$install_name";
3. 编译安装
# 3、开始安装
./configure LINUXAMD64
cd src
make install
# 输出如下，说明安装成功
# echo "VMD installation complete. Enjoy!"
# VMD installation complete. Enjoy!
三、环境变量设置
在$HOME/.bashrc或者.zshrc文件中加入下面内容，注意xxx需要替换为自己的实际安装路径：
# VMD 环境变量
export PATH=/home/xxx/software/vmd/vmd-2.0.0a5/bin:$PATH
然后source ~/.bashrc或者source ~/.zshrc，此时运行vmd一般来说均可正常运行。
四、测试运行
在命令行输入下面命令运行VMD，可以弹出界面窗口
vmd